Lónkot liegt direkt an der Küste, zwölf km nördlich des Dorfes Hofsós. Die Inseln Málmey und Drangey erheben sich aus dem Fjord, Berge ragen hinter dem Anwesen empor und das Meer umschließt den Ort von allen Seiten.

Die Region ist reich an Geschichte, Vogelleben und dramatischen Landschaften und bildet einen natürlichen Ausgangspunkt für die Erkundung Nordislands, der Halbinsel Tröllaskagi und der Strecke zu den Westfjorden.